في نهاية القرن التاسع الهجري اكتُشف طريق رأس الرجاء الصالح، وتابع البحَّار فاسكو دي جاما الرحلات البرتغالية عبر المحيط الهندي، وشهد شرقي أفريقيا صراعًا دمويًّا شنَّه البرتغاليون ضِدَّ الإمارات والمدن الإسلامية على طول سواحل شرقي أفريقيا، ودمَّروا مدينة كلوة ومساجدها الثلاثمائة، ودمَّروا مدن لامو وباتي. واستمَرَّ الصراع بين المسلمين والبرتغاليين قرابة قرنين تدور رحاه في سواحل شرقي أفريقيا, واستطاع العمانيون وقف التقدُّم البرتغالي، بل أنهوا نفوذ البرتغال في معظم سواحل شرقي أفريقيا، وأسس أحمد بن سعيد سلطنة عمانية ضَمَّت معظم شرقي أفريقيا إلا أن البرتغاليين تمسَّكوا بموزمبيق ودام احتلالهم من القرن العاشر الهجري حتى الاستقلال في سنة 1395 (1973م)، ونشطت البعثات التنصيرية في ظل الاحتلال البرتغالي، وقاوم المسلمون نشاطَ هذه البعثات، وكان همُّ البرتغاليين منصَرِفًا إلى الحصول على ذهب موزمبيق مقابل الأقمشة والخرز، والرقيق مقابل الأسلحة الحديثة. ورغم تحدي البرتغاليين إلا أن الإسلام وصل إلى نياسالاند (ملاوي) وبحيرة تنجانقا في داخل أفريقيا، غير أن الدعوة الإسلامية اصطدمت بعقبات كثيرة.